Entenda o funcionamento destes protocolos e saiba qual utilizar de acordo com a situação.

O PROTOCOLO POP

O POP tem por principal função acessar a caixa de entrada da conta configurada e efetuar o download das mensagens para o ambiente local (seu computador, smartphone ou outro dispositivo). Como mencionado, o POP somente acessa a pasta de Entrada das mensagens, caso existam outras pastas de email que você tenha criado elas ficarão indisponíveis.
Assim que as mensagens são baixadas para o seu dispositivo, as mesmas, por padrão, são excluídas do servidor de emails, o que pode gerar um futuro problema caso venha a formatar sua máquina, por exemplo, onde não existirá backup das mensagens.
Há a possibilidade de configurar, via software, a opção de não remover mensagens do servidor, mas seu uso não é garantido.
Assim que você acessar sua conta de email, as mensagens serão baixadas e serão excluídas do servidor, o que faz com que somente você possa ter essa conta configurada. Caso queira ter a conta em vários dispositivos diferentes, definitivamente o POP não seria uma boa opção como protocolo de recebimento.
Além disso, como o POP é limitado a visualizar somente a caixa de entrada, as mensagens enviadas ficam numa pasta local em seu dispositivo.
Indicação de uso: O POP é indicado em casos onde você precisa realizar o backup de conteúdo da sua conta de email.

O PROTOCOLO IMAP

O IMAP realiza o sincronismo das mensagens entre servidor e dispositivos configurados.
É basicamente um espelhamento do que existe no servidor de email e é o mesmo protocolo usado quando você acessa sua conta de email via navegador (webmail).
Sendo assim, ele consegue visualizar o conteúdo de qualquer pasta da conta de email configurada, o que inclui também a pasta de emails enviados. Quando você enviar uma mensagem pelo seu dispositivo configurado como IMAP, essa mensagem ficará salva no servidor.
O sincronismo permite que a conta seja configurada em diversos dispositivos diferentes e que seja acessada simultaneamente.
Se alguém que acessou a conta via smartphone, por exemplo, enviar uma mensagem ou criar uma nova pasta, essa configuração refletirá nos demais dispositivos configurados.
Indicação de uso: Indicado para o uso diário de sua conta de email, maior organização da conta com o uso de pastas e para acesso simultâneo através de diversos dispositivos diferentes.

COMPARATIVO DOS PROTOCOLOS

ITEM POP IMAP
Método de recebimento Download Sincronismo
Acessos simultâneos Não Sim
Visualização do conteúdo das pastas Somente a caixa de entrada Todas as pastas
Envio de emails Ficam salvos numa pasta local Ficam salvos no servidor de emails
Indicação de uso Backup das mensagens da conta de email Uso diário
Desta forma, a CorujaGraph sempre indica o uso do protocolo IMAP.