Entenda o funcionamento destes protocolos e saiba qual utilizar de acordo com a situação.

O PROTOCOLO POP

O POP tem por principal função acessar a caixa de entrada da conta configurada e efetuar o download das mensagens para o ambiente local (seu computador, smartphone ou outro dispositivo). Como mencionado, o POP somente acessa a pasta de Entrada das mensagens, caso existam outras pastas de email que você tenha criado elas ficarão indisponíveis.
Assim que as mensagens são baixadas para o seu dispositivo, as mesmas, por padrão, são excluídas do servidor de emails, o que pode gerar um futuro problema caso venha a formatar sua máquina, por exemplo, onde não existirá backup das mensagens.
Há a possibilidade de configurar, via software, a opção de não remover mensagens do servidor, mas seu uso não é garantido.
Assim que você acessar sua conta de email, as mensagens serão baixadas e serão excluídas do servidor, o que faz com que somente você possa ter essa conta configurada. Caso queira ter a conta em vários dispositivos diferentes, definitivamente o POP não seria uma boa opção como protocolo de recebimento.
Além disso, como o POP é limitado a visualizar somente a caixa de entrada, as mensagens enviadas ficam numa pasta local em seu dispositivo.
Indicação de uso: O POP é indicado em casos onde você precisa realizar o backup de conteúdo da sua conta de email.

O PROTOCOLO IMAP

O IMAP realiza o sincronismo das mensagens entre servidor e dispositivos configurados.
É basicamente um espelhamento do que existe no servidor de email e é o mesmo protocolo usado quando você acessa sua conta de email via navegador (webmail).
Sendo assim, ele consegue visualizar o conteúdo de qualquer pasta da conta de email configurada, o que inclui também a pasta de emails enviados. Quando você enviar uma mensagem pelo seu dispositivo configurado como IMAP, essa mensagem ficará salva no servidor.
O sincronismo permite que a conta seja configurada em diversos dispositivos diferentes e que seja acessada simultaneamente.
Se alguém que acessou a conta via smartphone, por exemplo, enviar uma mensagem ou criar uma nova pasta, essa configuração refletirá nos demais dispositivos configurados.
Indicação de uso: Indicado para o uso diário de sua conta de email, maior organização da conta com o uso de pastas e para acesso simultâneo através de diversos dispositivos diferentes.

COMPARATIVO DOS PROTOCOLOS